Projekt utworzenia szlaku dziedzictwa przyrodniczo-kulturowego Greenways Kraków-Morawy-Wiedeń  powstał w roku 2001, kiedy to polska i czeska Fundacja Partnerstwo dla Środowiska podjęły decyzję o utworzeniu europejskiego korytarza ekoturystycznego, „udekorowanego" alejami drzew i eksponującego dziedzictwo kulturowe, przyrodnicze i historyczne Europy Środka.
13 grudnia 2002 roku w Bartosovicach (Czechy, Region Poodri) miało miejsce oficjalne spotkanie polsko-czeskie lansujące projekt, w czasie którego partnerzy podpisali deklarację udziału w inicjatywie oraz w ramach symbolu partnerstwa, na dziedzińcu zamkowym ustawiono tabliczki kierunkowe z napisami „Kraków", „Wiedeń" oraz posadzono pierwsze drzewo na trasie.
Oznakowanie trasy rowerowej biegnącej wzdłuż głównej nitki szlaku rozpoczęto w roku 2003. W Polsce było to możliwe dzięki dotacji z Ministerstwa Gospodarki i Pracy, środkom Euroregionu „Ślask Cieszyński", dotacjom z Urzędu Marszałkowskiego Województwa Małopolskiego (Program IDENTUR) i Urzędu Marszałkowskiego Województwa Śląskiego oraz środkom własnym partnerów.
1-9 maja 2005 r. odbył się I rajd rowerowy SZLAKIEM GREENWAYS KRAKÓW-MORAWY-WIEDEŃ z Krakowa do Wiednia zorganizowany przez Oddział Polskiego Towarzystwa Turystyczno-Krajoznawczego w Jastrzębiu Zdroju.
Zob. Informacje prasowe o rajdzie
Realizacja projektu nie byłaby możliwa bez zaangażowania lokalnych partnerów reprezentujących samorządy lokalne, organizacje pozarządowe, szkoły i przedsiębiorców. Szlak zarządzany jest obecnie przez konsorcjum partnerów - lokalnych koordynatorów. W województwie śląskim są to: Stowarzyszenie Rozwoju i Współpracy Regionalnej „OLZA", Stowarzyszenie „Region Beskidy" w Bielsku-Białej i Urząd Miasta Pszczyna, a koordynatorem merytorycznym jest Oddział PTTK w Jastrzębiu Zdroju. W woj. małopolskim szlak jest koordynowany przez, Stowarzyszenie Przyjaciół Regulic i Nieporazu, Fundację Sacrosong, Towarzystwo na Rzecz Ochrony Przyrody (projekt „Drzewo życia"). Merytorycznym opiekunem szlaku w Małopolsce jest Oddział Krakowski PTTK.